基础医学院的前身为河北医学院时期的基础部。1959年3月26日基础部成立，主任吕钟珣，副主任张作三。基础部下设三个联合教学办公室（共15个教研室）：即普通、形态、生理学科三个联合办公室。普通学科联合教学办公室包括外文、体育、生物、物理、化学五个教研组，主任马振玉，副主任赵荣伦、董韵三；形态学科联合教学办公室包括解剖、组胚、病解、微生物、寄生虫五个教研组，主任王汉卿，副主任张立玉、李文镇；生理学科联合教学办公室包括生理、生化、病生、药理、卫生学五个教研组，主任石志华，副主任吴沈春、董承统。此外，还负责1～3年级学生的管理工作。
同年基础部党总支委员会、团总支委员会、部务委员会成立，党总支部书记张作三，副书记杨继远、吴沈春。下辖教工支部三个、学生支部四个。
1966年6月3日撤销基础部，解散教研组，成立10个教学连队，下乡下厂搞“医教******”。1973年3月2日恢复基础部，书记兼主任邓扬，副书记兼副主任胡耀南，副书记周云、杨席云（工宣队），副主任冯经义、陈嘉鼐。同年6月14日李恩任团委书记，徐善周任团委副书记。
1973年恢复了基础部党政工团组织，实行党总支一元化的领导体制。1974年5月20日，韩淑云调入，任基础部党总支副书记。1976年1月，李恩调出，徐善周任团总支书记。同年5月11日，谢浩然从部队转业，任基础部副主任。
1979年逐步实现了党政职能分开的新体制。邓阳调出以后，1977年8月16日，路玉申任基础部主任、党总支书记职务。1979年1月4日，张振东任基础部主任，免去路玉申主任职务；同年3月2日 和6月25日，沈金光和吴沈春任基础部副主任；同年11月，恢复了原有工会会员的会籍，在吸收新会员的基础上，选举产生了基础部工会委员会，周云任工会主席，方丁、郭念恭、徐善周任工会副主席。
1975年6月，河北新医大学决定组建“河北新医大学中心研究室”，此中心是河北省基础医学研究所的前身。
1978年1月19日，中共河北新医大学委员会冀新医（78）第4号文，任命当时医教部科研组副组长郭宝彦兼中心研究室主任，曹树林、李文镇、应国华为副主任。同年4月12日，省文办党组正式批示，同意成立包括基础医学在内的五个研究所，编制及科研人员在本校教师和医务人员中调整解决，至此，“中心研究室”正式改建为“基础医学研究所”。
1979年,基础医学研究所由省科委批准为省级独立研究机构，当时，由于缺乏专职科研编制及其它条件，暂称“河北医学院基础医学研究所”。
1982年7月1日，河北医学院党委决定基础部与基础医学研究所为“部所合一”的领导体制，张振东任主任兼所长，谢浩然任副所长。同年7月17日，杨发祥任基础部党总支副书记，11月1日，陈嘉鼐调任河北医学院副院长，张振东调任河北医学院顾问。1983年3月15日，何瑞荣任基础部主任兼基础所所长，刘茂松任基础部副主任，方丁、杨天祝任基础所副所长，沈金光任党总支副书记，胡耀南、谢浩然、韩淑云任调研员。1984年10月8日，靳宝雨任基础部副主任，同月基础部工会进行了改选，靳宝雨任工会主席，凌亦凌、张玉珍任副主席。1985年团总支改选，刘俊英、闫晓梅任团委副书记。1986年9月29日，沈金光调任三院党委副书记，10月21日，徐善周任党总支副书记。1987年4月，路玉申调任学院机关总支书记，曹继梅调入基础部任党总支副书记；同年5月20日，基础部工会进行改选，徐善周任工会主席，张玉珍、路士年任副主席；同年10月20日，学院成立卫生系，刘茂松调任卫生系主任，11月许树堂任基础部副主任。1988年徐善周任基础部党总支书记，11月19日，团总支进行改选，刘俊英任团总支书记。1990年刘俊英调离，张振宇负责团总支工作。
1991年8月27日，王润田任基础部副主任，同时免去何瑞荣基础部主任职务。1992年4月22日，王润田任基础部主任，6月靳宝雨调任学院院长办公室主任，王更新任基础部副主任。1993年2月，温进坤任基础部副主任，张振宇任团总支书记。1995年3月，张振宇调至河北医学院团委。1995年6月，温进坤调离基础部，任河北医科大学常务副校长，10月王更新调离基础部，任河北医科大学教务处处长，10月4日，纪惠敏任基础部党总支书记，12月29日，王润田调离基础部，任河北医科大学副校长。
1995年5月，河北医学院、河北中医学院、石家庄高等医学专科学校合并成立河北医科大学。1996年1月，学校将三个学校的基础部合并组建基础医学院。当时设有人体解剖学、组织胚胎学、微生物学、人体寄生虫学、病理学、生物学、生理学、生物化学、药理学、病理生理学、法医学、医用数学、医用物理学、医用化学、英语、日语、放射医学、计算机等18个教研室和1个显微镜科室。1996年1月，成立基础医学院实验中心（校本部）和基础医学院实验中心西校区分中心。
1996年1月19日，纪惠敏任基础医学院党委书记，曹继梅任基础医学院党委副书记兼基础医学研究所党支部书记; 李洪祥任基础医学院院长，杨天祝任河北省基础医学研究所所长兼基础医学院副院长; 段惠军、王庆山、李文斌、史中立任基础医学院副院长；林小菊任办公室主任，盛赞任办公室副主任。何瑞荣任河北省基础医学研究所名誉所长，马洪骏、王永利任河北省基础医学研究所副所长。1996年5月13日，楚立任基础医学院副院长。6月12日，马建智任学院团委书记。1996年6月17日，经过选举曹继梅当选基础医学院工会主席。1996年6月24日，曹继梅任基础医学院党委副书记兼基础所直属党支部书记（正处级），1996年11月1日羡春恩任基础医学研究所直属党支部副书记。
1997年4月14日，单树民任基础医学院党委书记，免去纪惠敏基础医学院党委书记职务。同年5月12日，学校进一步理顺西校区工作关系，原基础医学院西校区部分由中医学院代管。在此期间楚立出国学习，1998年4月15日王玉玲任基础医学院副院长，分管学院西校区工作。
1998年4月15日，段惠军任基础医学院院长兼基础所所长，李洪祥、杨天祝任处级调研员，同时撤销基础所直属党支部，羡春恩任基础医学院党委副书记，免去基础所直属党支部副书记职务，崔慧先、贾临北任基础医学院副院长，1998年12月14日免去李洪祥、杨天祝的调研员职务。
1999年10月6日，李文斌任基础医学院院长，王永利任基础医学院副院长、基础所所长。韩梅任基础医学院副院长，崔慧先调任教务处长，免去基础医学院副院长职务。
2000年4月20日，由于卫生技术学院撤销，原卫生技术学院办公室人员、教师转归基础医学院管理，周铁柱任基础医学院党委副书记（正处级）。
2001年4月，经评议、考核、考察、公示等形势，校党委研究决定，李文斌为基础医学院院长，王永利为基础医学研究所所长、基础医学院副院长，姜玲玲任基础医学研究所副所长、基础医学院副院长，甄彦君、贾临北、张雷、史中立、林小菊任基础医学院副院长，同时撤销学院办公室主任设置，免去林小菊综合办公室主任和盛赞的综合办公室副主任的职务。
2001年8月30日，由于民办公助办学模式的推行，河北医科大学与燕赵医学院联合办学，组建“河北医科大学燕赵学院”，（后更名“河北医科大学临床学院”），为河北医科大学二级学院，办学地点为新华医学院，单树民兼任燕赵学院党总支书记，贾临北兼任常务副院长、党总支副书记，李文斌、林小菊兼任副院长。
2001年12月25日，根据冀医人字（2002）第2号文件，对教师和实验技术人员进行岗位聘任，194名教师竞聘上岗，其中3名接近退休年龄不占岗位，6人低聘。114名技术人员参加竞聘，77名技术人员竞聘上岗， 3名低聘，12名内退，22名未聘。
2002年4月16日，为适应学校学科发展的需要，学校进行了学科调整，将原有的生物学教研室改为细胞生物学教研室，生物化学教研室改名为生物化学与分子生物学教研室，将原有的微生物学和寄生虫学教研室合并组建病原生物学教研室，新成立免疫学教研室，将物理诊断学教研室、实验诊断学教研室和外科总论三个教研室由教务处管理划归我院管理; 基础医学研究所新成立法医分子遗传学研究室。
2002年7月3日，基础医学院（所）召开第二届教职工代表大会，出席教职工代表95名，选举产生了新一届工会委员会，委员7名，羡春恩当选为基础医学院（所）工会主席。
2002年11月6日，王永利调任药学院院长，免去基础医学研究所所长、基础医学院副院长职务，李文斌兼任基础医学研究所所长，2002年10月7日，楚立任基础医学院副院长。
2003年10月13日，临床学院由新华医学院搬至学校东校区，与新华医学院脱离关系。原基础医学院东校区计算机教研室和实验中心人员划归河北医科大学临床学院管理。贾临北任临床学院党总支书记，林小菊、史中立任临床学院任副院长，同时免去3人基础医学院副院长职务。
2003年1月7日，学校将基础医学院西校区与基础医学院分离，成立基础课教学部，楚立任基础课教学部主任，甄彦君任基础课教学部党总支书记，同时免去两位基础医学院副院长的职务。
2004年10月12日，根据教学管理工作的需要，原隶属基础医学院的物理诊断学教研室、实验诊断学教研室和外科学总论教研室划归教务处管理。调整后基础医学院设有16个教研室、11个研究室。
2004年10月25日，成立法医学系，隶属基础医学院，不增加编制，机构无职级。主任：丛斌，副主任：谷振勇、马春玲，下设四个教研室：法医物证、法医病理、法医临床、法医毒理学教研室。
2005年1月25日，通过公开选拔、竟聘上岗以及考核、考察、公示等程序，经学校党委研究，并报上级单位批准，产生新任期学院领导，也是现任学院领导班子。李文斌任基础医学院院长、基础医学研究所所长、临床学院副院长; 李海军任基础医学院、基础医学研究所党委书记; 羡春恩任基础医学院、基础医学研究所党委副书记; 刘丽军任基础医学院、基础医学研究所党委副书记; 武宇明任基础医学院副院长、基础医学研究所副所长; 郭建国任基础医学院副院长; 郑书深任基础医学院副院长。
2005年在学校党委的领导下，在学院党政领导班子的具体带领下，学院全体教职工的共同努力下，顺利通过了国家教育部对我校的本科教学水平评估工作，并获得了优秀等级。
基础医学院实验中心（校本部）实行分室负责制，1996年1月-1998年4月，李文斌任主任，1998年4月—1999年9月，崔慧先任主任，1999年10月-2001年3月，韩梅任主任，2001年4月-2004年4月，张雷任基础医学院实验中心主任。2005年6月开始至今，武宇明任主任。
1997年9月-2002年10月期间，学校成立河北医科大学东校区实验中心，朱德荣任主任，殷长甫任副主任。2002年10月东校区实验中心划归基础医学院管理，成立基础医学院实验中心东校区分中心，史中立任分中心主任，殷长甫任副主任。2003年10月，学校成立临床学院，基础医学院实验中心原东校区分中心实验设备及人员划归临床学院管理。
1996年1月-1998年10月，楚立任基础医学院实验中心西校区分中心主任。1998年10月--2001年4月期间，王玉玲任基础医学院实验中心西校区分中心主任，以学校西校区区域管理为主。2001年4月-2002年1月，甄彦君负责实验中心西校区工作。2002年1月，甄彦君任基础医学院实验中心西校区分中心主任。2004年1月，学校成立基础课教学部，基础医学院实验中心西校区分中心一并划归基础课教学部管理。
截止2005年底，学院设有人体解剖学、生理学、病理学、生物化学与分子生物学、药理学、病理生理学、组织胚胎学、病原生物学、免疫学、法医学、细胞生物学、医用物理学、医用化学、医用数学、计算机等14个教研室和1个法医学系。其中省部共建教育部重点实验室1个、河北省强势特色学科2个、省级重点学科5个、校级重点学科3个、行业重点发展学科1个、省级重点实验室2个、省级精品课程7个。共有教职工236人，其中行政管理人员22人，教授33人，副教授52人，讲师43人，助教11人，教辅47人。具有博士学位者38人，具有硕士学位者62人。被国务院批准享受政府特殊津贴者16人，燕赵学者1人，省管优秀专家8人，国家级有突出贡献中青年专家1人、省级有突出贡献中青年专家6人、国家级优秀教师1人、省级优秀教师7人,河北省优秀专业技术人才1人，博士生导师23人，硕士生导师34人。目前主要承担多个层次（研究生、本科生、专科生等）多个专业（临床医学、药学、口腔医学、公共卫生学、影像、检验、麻醉）全日制及夜大学的基础课的教学任务，年均教学时数65660学时。学院还负责27个学生班级、7个专业共计2283名学生的前期（1～3年）管理工作。